台胞在大陆期间，因合理原因而不能在台胞证有效期内按时离境的，可以向当地公安机关的入出境管理部门提出申请，请求延长其在大陆的停留期。有关申请延长停留期的具体规定，主要由台胞所在地的公安机关负责制定。

根据1991年12月17日颁布的《两岸往来管理办法》第三十八条的规定，超过台胞证有效期后仍滞留在大陆的，属于“逾期非法居留”，可以“处以警告，单处或并处每逾期一日100元的罚款”。逾期居留的台胞，按以下手续办理：

（一）本人亲自前往当地公安机关，提供书面陈述并说明过期原因；

（二）由公安机关对其进行教育；

（三）台胞提供2寸照片一张(黑白、彩色均可)，填写港澳台侨证件延期、补发申请审批表；

（四）公安机关出具公安行政处罚决定书，并按每逾期一日罚款人民币100元计算；

（五）公安机关将已超过有效期的“台胞证”延期一个月有效，该有效期自处罚之日起计算。台胞必须在有效期内离境。